氨基酸电泳仪分类有多种。
1、按分离特征可分：氨基酸电泳仪、高选择性氨基酸电泳仪、高灵敏度氨基酸电泳仪和高分离度氨基酸电泳仪等。
2、按分离装置可分：氨基酸毛细管电泳仪和氨基酸芯片电泳仪等。
3、按分离规模可分：微型氨基酸电泳仪、小型氨基酸电泳仪和大型氨基酸电泳仪。
4、按进样自动性可分：手动进样氨基酸电泳仪和自动进样氨基酸电泳仪。
5、按应用范围可分：氨基酸电泳仪和氨基酸普通电泳仪。
6、按产地可分：国产氨基酸电泳仪和进口氨基酸电泳仪。
7、按分离原理可分：氨基酸色谱电泳仪、氨基酸区带电泳仪、氨基酸凝胶电泳仪和氨基酸等电聚焦电泳仪等。
